確定申告で追加納税になるのはなぜ？よくある原因と計算例・納付方法を解説【2026年最新】

「確定申告をしたら追加で税金を払うことになった。なぜ？」と疑問に思っていませんか？

確定申告で追加納税になるのは、1年分の所得で計算した税額が、給与や報酬から差し引かれた源泉徴収税額や予定納税額より多いからです。追加納税は罰金ではなく、前払いで足りなかった分を精算しているだけです。

この記事では、追加納税になるよくある原因、令和8年分の計算例、納付の方法と期限、来年に備える方法を解説します。

この記事のポイント

• 追加納税は1年分の税額から源泉徴収税額と予定納税額を引いた差額
• 主な原因は副業の所得・2か所からの給与・年金とほかの所得
• ふるさと納税や医療費控除は追加納税の原因にならない
• 令和8年分の納期限は2027年3月15日（月）
• スマホアプリ納付とコンビニ納付は納付税額30万円以下が対象
• 住民税は確定申告の追加納税とは別に翌年度にかかる

確定申告で追加納税になるのはなぜ？

確定申告で追加納税になるのは、1年分の所得で計算した税額に対して、源泉徴収や予定納税で前払いした税金が足りなかったからです。確定申告は、その過不足を精算する手続きです（国税庁 No.2020）。

確定申告は1年分の税金の精算

所得税は1月1日から12月31日までの所得で決まり、前払いした税金との差額を確定申告で精算します。会社員の給与や、フリーランスの報酬の一部からは、支払いのたびに所得税が差し引かれています。これを源泉徴収といいます。

ただし、源泉徴収は支払いごとの概算なので、1年分の税額とは一致しません（国税庁 No.1910）。会社員は年末調整で給与の分を精算しますが、給与以外の所得や年末調整を受けていない給与は、確定申告で精算します。

1年分の税額から源泉徴収税額と予定納税額を引いてプラスなら差額を納め、マイナスなら納めすぎた分が還付されます（国税庁 No.2030）。申告書を出しても税務署から納付書は届かないので、自分で期限までに納めます（国税庁 No.2020）。

追加納税と追徴課税の違い

期限内に申告して期限内に納めれば、追加納税に延滞税や加算税はかかりません。確定申告の追加納税は、正しく計算した税金の残りを納めるだけです。

一方で、追徴課税は申告した税額が少なすぎたときに、修正申告や税務署の更正で納める税金を指すことが多い言葉です。この場合は、新たに納める税金に加えて延滞税がかかり、過少申告加算税がかかることもあります（国税庁 No.2026）。

追加納税になるよくある原因は？

追加納税の原因は、源泉徴収されていない所得があるか、源泉徴収された税額が1年分の税額に足りないかのどちらかです。会社員なら副業の所得や2か所目の給与、個人事業主なら予定納税で前払いしていない分が代表的です。

副業の所得が源泉徴収されていない

会社員の副業の所得は源泉徴収されていないことが多く、その所得にかかる税金をまるごと確定申告で納めます。年末調整は勤務先の給与だけを精算するので、副業の所得は精算されないまま残ります。

給与が1か所の会社員でも、給与以外の所得が20万円を超えると確定申告が必要です（国税庁 No.1900）。なお、原稿料や講演料のように報酬から10.21%が源泉徴収される副業もあり、その場合は差額を納めるか、還付を受けます（国税庁 No.2795）。

本業の給与と副業をまとめて申告する手順は、こちらの記事で確認できます。

2か所から給与をもらっている

2か所から給与をもらうと年末調整はメインの勤務先でしか受けられず、もう1か所の給与は精算されないまま残ります。年末調整を受けられるのは、扶養控除等申告書を出した勤務先だけです（国税庁 No.2665）。

扶養控除等申告書を出していない勤務先の給与は、源泉徴収税額表の乙欄で税額を計算します（国税庁 No.2511）。その勤務先の給与だけで計算した概算なので、本業と合わせた1年分の税額とは差が出て、確定申告で精算することになります。

年末調整されなかった給与とほかの所得の合計が20万円を超える人は、確定申告が必要です（国税庁 No.1900）。源泉徴収票を使った申告の要否の判定は、こちらの記事でまとめています。

年金のほかに給与や副業の所得がある

公的年金の源泉徴収は概算なので、年金のほかに給与や副業の所得がある人は、確定申告で追加納税になることがあります。公的年金からは、年金の額から一定の控除額を引いた金額に5.105%をかけた税額が源泉徴収されます（国税庁 No.1600）。

年金とほかの所得を合わせた所得には、合計額に応じた税率がかかります。そのため、年金からの源泉徴収だけでは1年分の税額に届かないことがあります。

一方で、年金収入が400万円以下で、年金以外の所得が20万円以下の人は確定申告が不要です（国税庁 No.1600）。年金の源泉徴収票の見方や確定申告不要制度は、こちらの記事でくわしく解説しています。

年末調整の控除が実際と違っていた

年末調整で受けた控除が実際の条件に合っていなかった場合、確定申告で正しい控除に直すと税額が増えて納付になります。たとえば、配偶者の所得が見込みより増えて、受けられる配偶者控除や配偶者特別控除の額が減った場合が当てはまります。

反対に、年末調整で出し忘れた生命保険料控除などを確定申告で追加すると、税額は減ります。控除の修正だけで納付額が大きく変わったときは、どの控除の金額が変わったかを見比べると原因が分かります。

所得が増えて基礎控除が下がった

令和8年分は、合計所得金額が489万円を超えると基礎控除が104万円から67万円に下がります（国税庁 No.1199）。給与だけなら489万円以下でも、副業の所得を足して超えると、控除が37万円減る分だけ課税される所得が増えます。

655万円を超えるとさらに62万円に下がりますが、副業で追加納税が急に増えやすいのは489万円の境目です。副業の所得が50万円と60万円のときの増え方は、令和8年分の計算例で比べています。

予定納税は前払いが3分の2だけ

予定納税で前払いするのは予定納税基準額の3分の2だけなので、所得が前年と同じでも残りは確定申告で納めます。予定納税は、前年分の税額などをもとに計算した予定納税基準額が15万円以上の人が対象です（国税庁 No.2040）。

予定納税基準額の3分の1ずつを、7月と11月の2回に分けて納めます。その年の所得が前年より増えれば、増えた分の税金も確定申告で上乗せして納めます。

なお、令和8年分の予定納税額は基礎控除の引上げを考慮せずに計算されていて、引上げの分は確定申告で精算されます。そのため、令和8年分は確定申告で納める額が少なくなる人や、還付になる人もいます。

予定納税の計算方法と7月・11月の納め方は、こちらの記事にまとめています。

ふるさと納税や医療費控除で追加納税になる？

ふるさと納税や医療費控除は所得から差し引く控除なので、申告に加えても税額が増えることはなく、追加納税の原因にはなりません。控除だけを申告したのに納付と表示されたら、入力内容を見直しましょう。

なお、ふるさと納税で確定申告から戻る所得税は、寄附額から2,000円を引いた金額に所得税率をかけた分だけです（総務省 ふるさと納税のしくみ）。残りは翌年度の住民税から差し引かれるので、戻る金額と時期はこちらの記事で確認できます。

納付と表示されたら源泉徴収票の入力を確認

給与が1か所で年末調整を受けた会社員が控除だけを申告して納付になったときは、源泉徴収税額の入力漏れを疑いましょう。源泉徴収税額を入れ忘れると、1年分の税額がそのまま納める税額として表示されます。

源泉徴収票の支払金額や源泉徴収税額を入れ直し、控除を入れる前の段階で納める税額がほぼ0円になるかを確かめると、どこでずれたかが分かります。それでも納付になる場合は、副業の所得や2か所目の給与など、ほかの原因が当てはまらないかを見直します。

ワンストップ特例は確定申告で無効になる

ワンストップ特例を申請していても、確定申告をすると特例は無効になるので、寄附した全額を確定申告に入れます（国税庁 No.1155）。入れ忘れても税額は増えませんが、受けられるはずの控除を受け損ねます。申告後に気づいたら、更正の請求で寄附金控除を受けられます。

令和8年分の追加納税の計算例

給与収入600万円の会社員なら、副業の所得が50万円で約5万1,000円、60万円で約10万8,000円の追加納税になります。目安は、源泉徴収されていない所得に自分の所得税率をかけ、その2.1%の復興特別所得税を足した金額です。

計算の前提は次のとおりです（給与所得控除は国税庁 No.1410）。

• 給与収入600万円、給与所得は給与所得控除164万円を引いた436万円
• 勤務先で年末調整を受け、源泉徴収税額は給与だけで計算した1年分の税額と同じ
• 所得控除は社会保険料控除90万円と基礎控除だけ
• 副業は源泉徴収のない雑所得
• 復興特別所得税は所得税の2.1%（令和8年分）

副業の所得が50万円なら約5万1,000円

副業の所得が50万円の場合、追加納税は約5万1,000円です。合計所得は486万円で489万円以下なので、基礎控除は104万円のままです。

項目	副業なし	副業の所得50万円
給与所得	436万円	436万円
副業の所得	0円	50万円
所得控除（社会保険料90万円＋基礎控除104万円）	194万円	194万円
課税される所得	242万円	292万円
所得税（10%−9万7,500円）	14万4,500円	19万4,500円

課税される所得はどちらも税率10%の段階に収まるので、増えた50万円に10%がかかり、所得税の差は5万円です（国税庁 No.2260）。復興特別所得税1,050円を足すと5万1,050円になり、実際の納付額は端数の処理で少し変わります。

副業の所得が60万円なら約10万8,000円

副業の所得が60万円になると、追加納税は約10万8,000円と、50万円のときの2倍以上に増えます。合計所得が496万円で489万円を超え、基礎控除が104万円から67万円に下がるのが原因です。

課税される所得は339万円となり、税率20%の段階に入ります。所得税は339万円×20%−42万7,500円＝25万500円で、副業なしとの差は10万6,000円です。

合計所得が489万円の前後になる人は、年の途中で所得の見込みを出しておくと、境目を超えるかどうかを早めに判断できます。

追加納税の納付方法と期限は？

令和8年分の追加納税は、2027年3月15日（月）までに、振替納税やクレジットカード、スマホアプリなどの方法から選んで納めます。申告書の提出期限と同じ日なので、申告を済ませたらそのまま納付まで終えておくと安心です（国税庁 No.2020）。

納付方法	特徴
振替納税	届け出た口座から振替日に自動で引き落とし（期限内に申告した分だけ）
ダイレクト納付	e-Taxで申告した後、届け出た口座から即時か指定日に引き落とし（手数料不要）
インターネットバンキング等	ネットバンキングやATMから納付
クレジットカード納付	専用サイトでカード払い（決済手数料あり・1回1,000万円未満）
スマホアプリ納付	e-Taxで申告した後、スマホ決済アプリで納付（30万円以下・決済手数料なし）
コンビニ納付（QRコード）	自分で作ったQRコードを使いコンビニで現金払い（30万円以下）
窓口での現金納付	金融機関か税務署の窓口で納付書を使って納付

出典：国税庁 確定申告期に多いお問合せ事項Q&A【税金の納付】

振替納税は約1か月後に引き落とし

振替納税を使うと、納期限より約1か月あとの振替日に、届け出た口座から自動で引き落とされます。令和7年分の所得税の振替日は2026年4月23日（木）でした（国税庁 Q37）。令和8年分の振替日は、国税庁の発表を確認してください。

新しく使う場合は、納期限までに口座振替依頼書をe-Taxか書面で出します。ただし、期限後申告や修正申告の分には使えません（国税庁 No.9201）。

残高不足で引き落とせないと延滞税がかかるので、振替日の前日までに納付額を口座に入れておきましょう。

クレジットカード納付は手数料がかかる

クレジットカードで納めると、納付税額1万円ごとに99円（税込）の決済手数料がかかります。たとえば納付税額が5万1,000円なら、手数料は594円です（国税庁 クレジットカード納付の手続）。

使えるのは、1回の手続きで1,000万円未満、かつカードの決済可能額以下の金額です。決済手数料は国の収入ではなく、領収証書も発行されません。クレジットカード納付のメリットとデメリットは、こちらの記事で比べています。

スマホアプリ納付とコンビニ納付は30万円以下

スマホ決済アプリやコンビニで納められるのは、納付税額が30万円以下の場合だけです。スマホアプリ納付は、e-Taxで申告データを送った後に専用サイトから決済アプリで払う方法で、決済手数料はかかりません（国税庁 スマホアプリ納付の手続）。

スマホアプリ納付はアプリの残高で払うので、事前のチャージが必要です。30万円を超える税額を分けて払うことは控えるよう、国税庁が案内しています。

コンビニ納付は、国税庁のサイトで作ったQRコードを使って、ファミリーマートやローソン、ナチュラルローソン、ミニストップで現金で払う方法です（国税庁 コンビニ納付（QRコード））。

口座から即時に払うならダイレクト納付

e-Taxで申告する人は、ダイレクト納付を使うと、届け出た口座から即時か指定した日に手数料なしで納められます。事前にダイレクト納付利用届出書を出す必要があり、書面で出すと使えるまで1か月程度かかります（国税庁 Q34）。

確定申告の時期に届け出ても、その年の納付に間に合わないことがあります。ダイレクト納付を使いたい人は、申告の前に届け出を済ませておくと安心です。

期限までに払えないときは？

期限までに払えないときは、延納で残りを5月31日まで延ばすか、猶予制度を税務署に相談します。期限を過ぎたまま放っておくと延滞税が増えていくので、払えないと分かった時点で手続きを考えましょう。

延納で残りを5月31日まで延ばす

延納は、納期限までに納めるべき税額の2分の1以上を納めれば、残りの納付を5月31日まで延ばせる制度です（国税庁 Q35）。振替納税を使う場合は、振替日までに2分の1以上を納めます。

延ばした分には利子税がかかり、令和7年分の延納の利子税は年1.3%でした。延納のほかに所得税を分けて払う方法は、こちらの記事で詳しく紹介しています。

遅れると延滞税がかかる

納期限を過ぎると、法定納期限の翌日から納めた日までの日数に応じて延滞税がかかります（国税庁 No.9205）。令和8年中の期間の割合は、納期限の翌日から2か月までが年2.8%、2か月を過ぎると年9.1%です。

令和8年分を2027年に遅れて納める場合の割合は、国税庁の発表を確認してください。

払うのが難しいときは猶予制度を相談

国税を一度に納めるのが難しい人のために猶予制度があり、認められると延滞税が軽減か免除されます（国税庁 Q39）。払えないまま納期限を過ぎるより、早めに税務署に相談するほうが負担を抑えられます。

来年の追加納税に備えるには？

来年の追加納税に備えるには、年の途中で所得の見込みをつかみ、翌年度の住民税の分も含めて納付用のお金を分けておきます。確定申告の直前に初めて金額を知ると、納期限までに資金を用意できないことがあります。

年の途中で所得の見込みを出す

副業や個人事業の所得は、年の途中で売上と経費を集計して、1年分の所得を見込んでおきましょう。所得の見込みが分かれば、令和8年分の計算例と同じ手順で追加納税の目安を出せます。

住民税は翌年度に別でかかる

確定申告の追加納税は所得税と復興特別所得税の分で、住民税は翌年度に市区町村から課税されます。所得割の税率は10%で、前年1年間の所得をもとに計算されます（総務省 個人住民税）。

会社員の住民税は、6月から翌年5月までの給与から差し引かれます。65歳以上で公的年金を受け取っている人は年金から差し引かれ、それ以外の人は納税通知書で年4回に分けて納めます（東京都主税局 個人住民税）。

そのため、副業の所得があった年は、3月の追加納税のあとに住民税も増えます。副業にかかる所得税と住民税のしくみは、こちらの記事で解説しています。

納付用のお金を分けておく

副業の入金があったら、所得税と翌年度の住民税の分をその都度別の口座に分けておくと、納期限に慌てずに済みます。所得税率が10%の人なら、副業の所得に対して所得税と住民税で約2割が目安です。

所得税率が20%の段階に入る人は、目安も約3割に上がります。所得の見込みに合わせて、分けておく割合を見直しましょう。

副業の帳簿づけから申告までスマホで済ませる方法

所得の見込みを年の途中でつかむには、日々の取引を記録しておく必要があります。ただ、本業と並行して帳簿をつけ、確定申告書まで作るのは手間がかかります。

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まとめ

確定申告の追加納税について、押さえておきたい点は次のとおりです。

• 追加納税は、1年分の税額から源泉徴収税額と予定納税額を引いた差額
• 主な原因は、源泉徴収されていない副業の所得、2か所からの給与、年金とほかの所得
• 令和8年分は合計所得489万円超で基礎控除が67万円に下がり、追加納税が増えやすい
• ふるさと納税や医療費控除は税額を減らすだけで、追加納税の原因にならない
• 令和8年分の納期限は2027年3月15日（月）で、スマホアプリとコンビニは30万円以下
• 住民税は確定申告の追加納税とは別に、翌年度に課税される

まずは今年の給与と副業の所得を見込み、令和8年分の追加納税の目安を計算しておきましょう。

よくある質問

Q. 年末調整をしたのに確定申告で納付になるのはなぜ？

年末調整は勤務先の給与だけを精算するので、副業の所得や2か所目の給与がある人は、その分の税金を確定申告で納めます。年末調整で受けた控除を確定申告で正しく直した結果、税額が増えて納付になることもあります。

Q. 追加納税はいつまでに払えばいい？

令和8年分の追加納税は、2027年3月15日（月）までに納めます。振替納税を使う場合は、国税庁が指定する振替日に引き落とされます。

Q. 追加納税は分割で払える？

延納を使えば、納期限までに税額の2分の1以上を納め、残りを5月31日まで延ばせます。延ばした分には利子税がかかります。一度に払うのが難しい場合は、猶予制度について税務署に相談しましょう。

Q. クレジットカードで払うと手数料はいくら？

クレジットカード納付の決済手数料は、納付税額1万円までが99円で、1万円を超えるごとに99円ずつ加算されます。手数料は国の収入にはならず、領収証書も発行されません。

Q. 振替納税の引き落とし日はいつ？

令和7年分の所得税の振替日は2026年4月23日（木）でした。令和8年分の振替日は、国税庁の確定申告の案内で発表されます。

Q. 追加納税と追徴課税は違う？

追加納税と追徴課税は別のもので、期限内に申告して納めた追加納税には延滞税や加算税はかかりません。追徴課税は申告漏れなどで後から納める税金を指すことが多く、延滞税や過少申告加算税がかかることがあります。

Q. ふるさと納税をしたのに納付になるのはなぜ？

ふるさと納税の寄附金控除は税額を減らすだけなので、納付になるのはほかに原因があります。源泉徴収税額の入力漏れや、副業の所得、2か所目の給与がないかを見直してください。