【2026年最新版】ふるさと納税と医療費控除を一緒に確定申告するやり方｜併用の手順と注意点

2026年7月13日

この記事のポイント

ふるさと納税と医療費控除は1回の確定申告でまとめて申告できる

医療費控除のために確定申告をするとふるさと納税のワンストップ特例は無効になる

ワンストップ申請済みでも全寄附分を確定申告の寄附金控除に含める必要がある

医療費控除の対象は支払った医療費から原則10万円を引いた額

医療費控除で所得が下がるとふるさと納税の控除上限額も下がる場合がある

ふるさと納税と医療費控除は1回の確定申告で併用できる

ふるさと納税（寄附金控除）と医療費控除は、同じ確定申告書で両方まとめて申告できます。どちらか一方しか選べないという制限はありません。

ふるさと納税は自治体への寄附で「寄附金控除」として、医療費控除は1年間に支払った医療費に応じた控除として、それぞれ所得控除に含めます。2つを1枚の確定申告書に記入すれば、所得税の還付と翌年度の住民税の軽減を同時に受けられます。

会社員で医療費控除だけを目的に確定申告をする人も、ふるさと納税をしているなら同じ申告のなかで一緒に処理するのが基本です。別々に手続きする必要はありません。

併用で最も注意すべき点はワンストップ特例が無効になること

医療費控除のために確定申告をすると、ふるさと納税のワンストップ特例は無効になります。これが併用でいちばん多い失敗の原因です。

ワンストップ特例は、確定申告をしない会社員などがふるさと納税の控除を受けられる仕組みです。ところが医療費控除は確定申告でしか受けられないため、医療費控除をしようとした時点でワンストップ特例の前提が崩れます。

ワンストップ申請済みでも確定申告をすると無効になる

すでに自治体へワンストップ特例を申請していても、その後に確定申告をすると申請はすべて無効になります。国税庁も「確定申告を行う方は、ふるさと納税ワンストップ特例の申請が無効となる」と明記しています（国税庁 No.1155）。

「ワンストップを出したから、ふるさと納税分はもう申告しなくていい」と思い込むと、寄附金控除が丸ごと抜け落ちてしまいます。

ふるさと納税の全寄附分を確定申告に含める

ワンストップ特例が無効になるぶん、ふるさと納税で寄附した全額を確定申告の寄附金控除に自分で記入し直す必要があります。ワンストップを申請した分も含めて、その年の寄附をすべて申告に含めてください。

含め忘れると、ふるさと納税分の控除がまったく受けられません。医療費控除だけが反映され、ふるさと納税の税負担軽減が消えてしまうため、寄附した自治体と金額をもれなく確認しておくことが大切です。

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ふるさと納税と医療費控除を併用する確定申告のやり方

やり方はシンプルで、1枚の確定申告書に寄附金控除（ふるさと納税）と医療費控除を両方記入するだけです。手順は「必要書類を揃える」「1つの申告書にまとめて入力する」の2ステップに整理できます。

まず、申告に必要な書類を用意します。会社員の場合は源泉徴収票の内容をもとに申告書を作成します。

書類	内容	入手先
寄附金受領証明書または寄附金控除に関する証明書	ふるさと納税の寄附額を証明する書類。電子データでの取得も可能	各自治体またはポータルサイト
医療費控除の明細書	1年間に支払った医療費を集計した書類	領収書をもとに自分で作成
源泉徴収票	給与や源泉徴収税額の確認に使用（会社員）	勤務先

書類が揃ったら、確定申告書の寄附金控除欄にふるさと納税の合計額、医療費控除欄に集計した医療費を記入します。2つを別々の申告書に分ける必要はなく、同じ申告書のなかにまとめて入力します。

寄附金控除と医療費控除を1つの申告書にまとめる作業は、タックスナップのような確定申告アプリを使うと、画面の案内に沿って入力するだけでスマホ完結できます。マイナポータル連携を使えば、寄附や医療費のデータ取り込みもPC不要で進められます。

なお、ふるさと納税の証明書を電子データで取得する具体的な手順は楽天ふるさと納税やふるなびの操作をまとめた記事で、医療費控除の明細書の書き方や集計のコツはスマホでの医療費控除の手順をまとめた記事で、それぞれ詳しく解説しています。

医療費控除でふるさと納税の控除上限額が下がる点に注意

医療費控除を受けると所得が下がり、その分ふるさと納税の控除上限額も下がる場合があります。併用そのものは問題ありませんが、寄附できる「お得な上限」が縮む点は押さえておきたいところです。

ふるさと納税の実質2,000円で済む上限は、住民税の所得割額をもとに計算します。医療費控除で課税所得が減ると、この所得割額も下がり、上限を超えた寄附分は自己負担になりやすくなります。

そのため、医療費が多くかかった年は、控除後の所得を前提に寄附額を決めるのが安全です。

参考までに、医療費控除の対象額は次の式で計算します。支払った医療費から保険金などの補填額を引き、さらに原則10万円（総所得金額等が200万円未満の人は所得の5%）を差し引いた金額が対象で、上限は200万円です（国税庁 No.1120）。

まとめ

ふるさと納税と医療費控除は、1回の確定申告でまとめて申告できます。ポイントは、医療費控除で確定申告をするとワンストップ特例が無効になること、そしてふるさと納税の全寄附分を自分で申告に含めることの2点です。

必要書類は、ふるさと納税の寄附金受領証明書（または電子データの証明書）と医療費控除の明細書、会社員なら源泉徴収票です。これらを揃えて、1枚の申告書に寄附金控除と医療費控除を両方記入すれば、所得税の還付と住民税の軽減を同時に受けられます。医療費控除で控除上限額が下がる点だけ意識しておけば、併用で損をする心配はありません。