【2026年最新版】年末調整で医療費控除は受けられない｜会社員が確定申告でお金を取り戻すやり方

2026年7月13日

この記事のポイント

医療費控除は年末調整の対象外で、受けるには自分で確定申告（還付申告）が必要

年末調整で扱えるのは生命保険料控除や扶養控除などで、医療費控除・寄附金控除・初年度の住宅ローン控除は確定申告

対象は原則、その年に支払った医療費のうち10万円を超えた部分（総所得金額等が200万円未満なら所得の5%）

還付申告はその年の翌年1月1日から5年間できるので、年末調整に間に合わなくても慌てなくてよい

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年末調整で医療費控除は受けられない

医療費控除は年末調整では処理できません。会社が行う年末調整は給与に紐づく控除を精算する手続きで、医療費控除は対象に含まれていないからです。会社員であっても、医療費控除を受けたい年は自分で確定申告をする必要があります。

「毎年会社に年末調整をしてもらっているから何もしなくていい」と考えていると、戻るはずの税金を取り逃します。年末調整はあくまで給与所得のなかで完結する精算であり、医療費のように個人の事情で金額が大きく変わる控除は別の手続きが前提になっています。

なぜ年末調整で医療費控除ができないのか

理由は、医療費控除が本人にしか用意できない資料をもとに計算する控除だからです。1年間に支払った医療費を家族分まで合算し、保険金などで補填された額を差し引いて計算します。領収書の整理や集計は本人しかできず、会社が給与データだけで判断できる控除ではありません。

そのため国税庁も、医療費控除は確定申告で申告する控除として案内しています（国税庁 No.1120 医療費控除）。年末調整の書類にいくら医療費を書いても反映されないので、医療費控除だけは確定申告に回すと覚えておくと確実です。

年末調整で受けられる控除・確定申告が必要な控除

どの控除が年末調整で完結し、どれが確定申告に回るのかを整理すると混乱しません。会社員が自分でやるべきなのは、下の表で「確定申告が必要」に分類される控除です。

控除の種類	年末調整	確定申告
生命保険料控除	◎	—
地震保険料控除	◎	—
扶養控除・配偶者控除	◎	—
社会保険料控除（給与天引き分）	◎	—
iDeCo（小規模企業共済等掛金控除）	◎	—
医療費控除	✕	◎
寄附金控除（ふるさと納税など）	✕	◎
住宅ローン控除（初年度）	✕	◎

生命保険料控除や扶養控除は年末調整で完結しますが、医療費控除・寄附金控除・初年度の住宅ローン控除は年末調整では扱えません。これらは年末調整が終わったあとに、自分で確定申告して取り戻す流れになります。

会社員が医療費控除を受けるには確定申告（還付申告）

会社員が医療費控除を受ける方法は、確定申告のなかでも「還付申告」と呼ばれる手続きです。年末調整で払いすぎた所得税を、確定申告で計算し直して返してもらう仕組みだと考えるとわかりやすいです。

還付申告といっても、やることは通常の確定申告と大きく変わりません。源泉徴収票の内容と、1年分の医療費をまとめた医療費控除の明細書を使って申告書を作り、税務署に提出するだけです。難しい帳簿づけは不要で、給与のほかに副業などがなければ手続きはシンプルにまとまります。

還付申告は年末調整とは別の手続き

還付申告は、年末調整が済んでいても問題なく行えます。年末調整で確定した税額に対して、医療費控除の分だけ税金を計算し直して差額を返してもらうのが還付申告だからです。会社に追加で何かを頼む必要はありません。

必要なのは、会社が発行した源泉徴収票です。ここに記載された給与や源泉徴収税額をもとに申告するので、年末調整の結果はむしろ還付申告の材料になります。年末調整と確定申告は対立するものではなく、年末調整のあとに医療費控除を上乗せするイメージで捉えると迷いません。

還付申告はいつからできる？5年さかのぼれる

還付申告は、対象となる年の翌年1月1日から5年間提出できます（国税庁 No.2030 還付申告）。通常の確定申告の期限（3月15日ごろ）に間に合わなくても、あとからでも申告できるので慌てる必要はありません。

この5年という期間があるため、過去に申告し忘れた医療費控除もさかのぼって取り戻せます。「去年は医療費がかさんだのに申告し忘れた」という場合でも、まだ間に合う可能性が高いです。過去分をまとめて申告したい場合の進め方は、医療費控除をさかのぼって申告する方法を解説した記事で詳しく紹介しています。

医療費控除でいくら戻る？対象になる金額

医療費控除の対象になるのは、その年に支払った医療費のうち原則10万円を超えた部分です。医療費の全額がそのまま戻るわけではなく、超えた部分をもとに所得を圧縮し、税率に応じて税金が軽くなる仕組みです。

戻る金額の目安は「医療費控除の額 × 所得税率」で決まります。医療費が多いほど、また所得税率が高いほど戻る額は大きくなります。まずは1年間の医療費が10万円を超えているかを確認するところから始めると判断しやすいです。

10万円を超えた分が対象（所得200万円未満は5%）

医療費控除額は、次の式で計算します（国税庁 No.1120 医療費控除）。

（実際に支払った医療費の合計額 − 保険金などで補填される金額）− 10万円

ただし、総所得金額等が200万円未満の人は「10万円」ではなく「所得の5%」を差し引きます。パートや時短勤務などで所得が少ない場合は、10万円に届かなくても控除を受けられることがあります。控除額の上限は最高200万円です。

保険金などで補填される金額は差し引く点に注意が必要です。高額療養費や生命保険の入院給付金を受け取っている場合は、その分を医療費から引いてから計算します。

生計を一にする家族の医療費も合算できる

医療費控除は、本人だけでなく生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費も合算できます（国税庁 No.1120 医療費控除）。家族の分を合わせれば、1人では届かない10万円のラインを超えやすくなります。

同居していなくても、仕送りをしている親などは生計を一にしていると認められる場合があります。共働きの家庭では、所得税率が高い人がまとめて申告した方が戻る額が大きくなりやすいので、誰が申告するかも一度検討しておくと得です。

医療費控除の確定申告でやること（全体像）

医療費控除の確定申告は、大きく「書類をそろえる → 医療費控除の明細書を作る → 申告書を提出する」の3ステップです。給与以外に収入がない会社員なら、帳簿づけがいらないぶん手続きは比較的シンプルにまとまります。

いきなり細かい手順に入る前に、全体の流れをつかんでおくと迷いません。ここでは必要書類と明細書の要点にしぼって整理し、スマホでの具体的な入力手順は別記事に譲ります。

必要な書類と医療費控除の明細書

医療費控除を受けるには、「医療費控除の明細書」を確定申告書に添付する必要があります（国税庁 No.1120 医療費控除）。かつて必要だった領収書の提出は不要になりましたが、領収書は自宅で5年間保存しておく義務があります。

用意するものは主に次の3点です。手元にそろえてから作業を始めると、途中で止まらずに進められます。

源泉徴収票（会社から受け取ったもの。給与と源泉徴収税額の確認に使う）
医療費の領収書やレシート（明細書の作成に使い、提出はせず5年保存）
医療費控除の明細書（1年分の医療費を集計して作成する書類）

医療費の集計は、国税庁の「医療費集計フォーム」を使うと明細書の作成がスムーズです。集計フォームの具体的な書き方は、医療費集計フォームの記入方法を解説した記事で詳しく紹介しています。

スマホ・e-Taxでの申告手順は別記事へ

医療費控除の申告は、スマホとマイナンバーカードがあればe-Taxで自宅から完結できます。税務署に出向く必要はなく、マイナポータル連携を使えば医療費のデータを自動で取り込むこともできます。

スマホでの具体的な入口の選び方や、マイナポータル連携・e-Taxの操作手順は、医療費控除をスマホで申告するやり方を解説した記事と、医療費控除をe-Taxで確定申告する方法を解説した記事にまとめています。この記事では「年末調整では受けられない→確定申告で取り戻す」という全体像の理解を優先しました。なお、医療費控除だけの還付申告なら、タックスナップのようなスマホ完結の確定申告アプリを使えば無料プランのまま申告まで進められます。