年末調整は給与所得者にとって税額を正確に計算し、税金を調整するための重要な手続きです。しかし、何らかの理由で会社が年末調整を行ってくれない場合、自分で確定申告を行う必要があります。また、年末調整と確定申告を併用する場合の注意点も知っておくことが大切です。本記事では、会社が年末調整をしてくれない理由、その対処法、確定申告を行うべきケースや手順について詳しく解説します。この記事を参考に、正確でスムーズな税金手続きを進めましょう。
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会社が年末調整をするのは義務！
年末調整は会社の義務
年末調整は、給与所得者が過不足なく所得税を納めるために必要な手続きであり、会社が行うべき重要な業務の一つです。
義務としての年末調整
年末調整は、税法に基づき従業員の税額を調整することが会社の責任として義務付けられています。これは従業員が正しい税額を負担し、払いすぎた税金を還付できる仕組みを整えるための制度です。
年末調整がカバーする範囲
扶養控除や基礎控除、保険料控除などが年末調整で計算され、これに基づいて所得税が再計算されます。
対象となる従業員
扶養控除申告書を提出している正社員、契約社員、アルバイト、パートタイム従業員。
一年間通して同じ会社で勤務している従業員。
会社が年末調整をしてくれない場合とは
会社が年末調整を行わないケースにはいくつかの理由が考えられます。以下、それぞれについて詳しく見ていきます。
従業員が条件を満たしていない
年末調整を行わない主な理由は、従業員側が必要な条件を満たしていない場合です。
1. 扶養控除申告書の未提出
年末調整を行うには、「扶養控除等申告書」が必須です。これを提出していない場合、会社は年末調整を行えません。
2. 年度途中で入社した場合
途中入社の場合、前職分の給与や所得税情報が不足していると年末調整の対象外となる場合があります。
3. 給与が少額で税額が発生していない
年間給与が税額控除以下である場合、年末調整が必要ないと判断されることがあります。
会社側の知識不足
中小企業や新設の事業所では、年末調整に関する知識や経験が不足している場合があります。特に、給与計算や税務申告を外部に委託していない場合、年末調整が適切に実施されないことがあります。
故意に会社が行っていない場合も
一部の悪質な事業者では、コスト削減や手続きの煩雑さを理由に年末調整を故意に行わない場合があります。このような場合は労働基準監督署や税務署への相談が必要です。
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会社が年末調整をしてくれない場合の対処法
1. まずは会社に確認する
担当者に相談：総務や経理部門に連絡し、年末調整が行われない理由を確認しましょう。必要な書類が提出されていない場合や手続きが遅れている場合もあります。
2. 自分で確定申告を行う
年末調整が実施されなかった場合、確定申告を行うことで税額を調整できます。
必要書類：給与明細、源泉徴収票、控除証明書（保険料や住宅ローン控除）。
手続き方法：税務署での手続き、またはオンライン申告（e-Tax）を利用します。
年末調整時、会社側に提出する書類
会社が年末調整を行う場合、従業員は以下の書類を提出する必要があります。
令和6年分の給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
扶養家族の有無や変更点を申告するための書類です。
令和6年分の給与所得者の保険料控除申告書
生命保険料や地震保険料などの控除申請を行います。
令和6年分の給与所得者の基礎控除申告書
基礎控除や配偶者控除を申請するための書類で、これにより正しい税額計算が行われます。
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確定申告と年末調整を両方を行う場合
年末調整済みの方が確定申告が必要な場合
年末調整を行った後でも、以下の条件に該当する場合は確定申告が必要です：
給与以外の所得が20万円を超える場合
住宅ローン控除の初年度
医療費控除やふるさと納税控除を受ける場合
確定申告をした方が良い場合
払いすぎた税金を還付される場合。
年末調整では対応できない控除（寄付金控除など）を申請する場合。
年末調整と確定申告どちらもした方がいい方
医療費控除などを受ける場合
年間（1月1日〜12月31日）の医療費が家族を含めて10万円、または「所得の5％を超える金額」のいずれか低い方を超えた場合、医療費控除が適用される可能性があります。年末調整では医療費控除の手続きは行われないため、確定申告が必要です。
領収書の管理が重要
医療費控除を受けるには、医療費通知（健康保険組合が発行する書類）や領収書を基に「医療費控除の明細書」を作成します。領収書の保管やレシート類の整理を怠ると、正確に計算できないため注意しましょう。
どんな費用が対象か？
病院や歯科、薬局での治療費だけでなく、出産や介護関連の費用、一定のリハビリやドラッグストアで購入した医薬品が含まれる場合もあります。通院交通費や処方箋医薬品購入費なども控除対象に含まれることがあります。
住宅ローン控除を受ける場合
住宅ローン控除（住宅借入金特別控除）を受けると、年末の残高に応じて一定額が所得税・住民税から控除され、住居取得の負担を軽減できます。ただし、初年度（適用開始年）は必ず確定申告が必要である点に注意が必要です。
必要書類
住宅ローン残高証明書、住民票、登記事項証明書、売買契約書のコピー、源泉徴収票などが代表的です。漏れがあると申請が認められないので、事前にしっかり準備しましょう。
初年度と2年目以降で対応が違う
住宅ローン控除を初めて適用する年は、住宅ローン残高証明書や登記事項証明書などの書類を添付して、自分で確定申告書を提出しなければなりません。2年目以降は、会社員の場合、年末調整で手続きが可能なので改めて確定申告を行う必要はなくなることが多いです。
ふるさと納税をしている場合
ふるさと納税による寄附金控除を受けるには、ワンストップ特例制度を利用するか、確定申告で寄附金控除を申請する2つの方法があります。
寄附金控除のメリット
寄附金控除を受けると、所得税だけでなく住民税の一部が減額され、実質的に自己負担2,000円で各自治体から返礼品が受け取れる大きなメリットがあります。申請方法を誤ると控除が受けられない場合があるので気をつけましょう。
ワンストップ特例を利用しない場合は申告が必要
ワンストップ特例の申請書を各自治体に提出していない、あるいは提出し忘れた場合、確定申告で寄附金控除を申請する必要があります。年間の寄附先が5自治体を超える場合も、そもそもワンストップ特例が適用されないため、確定申告による申告が必須です。
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よくある間違いと注意点
「年末調整は会社がやるもの」と思い込み、書類を提出しない
年末調整は給与所得者にとって義務や自動的にやってもらうものというイメージがありますが、実際には従業員自身が必要書類をきちんと提出することが欠かせません。扶養控除申告書や保険料控除申告書などを未提出のまま放置してしまうと、会社側でも正確な年末調整ができず、結果的に税金を払いすぎたり返金されなかったりする可能性があります。
年末調整をしてもらえないまま放置してしまう
会社の規模や事情によっては、年末調整の手続きが行われないこともまれにあります。こうした場合、自力で確定申告を行わないと過不足が調整されないままになり、年末調整の恩恵を受けられません。扶養控除や保険料控除などを適用したいなら、会社に事情を確認しつつ、必要があれば確定申告を必ず行うようにしましょう。
医療費控除や住宅ローン控除の初年度などの控除適用漏れ
年末調整だけでは申告できない控除（医療費控除、ふるさと納税をワンストップ特例で対応していない場合の寄附金控除、住宅ローン初年度控除など）を、そのまま申請せずに放置すると、本来受けられる税額控除を見逃すことにつながります。自社が年末調整を行ったとしても、これらは個人で確定申告をしなければ適用されないケースが多い点に注意しましょう。
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まとめ
年末調整は給与所得者にとって重要な税額調整の手続きです。会社が対応してくれない場合でも、確定申告を行うことで正確な税額調整が可能です。必要書類を早めに準備し、正しい手続きを進めましょう。
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よくある質問
年末調整をしなかったらどうなるの？
年末調整を行わないと、以下のような影響が出る可能性があります：
払いすぎた税金が還付されない
年末調整で行うべき控除（基礎控除、保険料控除など）が適用されないため、結果として多く納税してしまう可能性があります。
不足分の税金を正確に支払えない
年末調整は税額を精算する目的があるため、調整が行われないと不足分の税金が適切に支払われず、延滞税が課される可能性があります。
解決策
年末調整が行われなかった場合は、必ず確定申告を行うようにしましょう。これにより、税金の過不足を正確に精算できます。
年末調整の時期はいつ？
通常、年末調整は11月から12月の間に行われます。具体的なタイミングは会社によりますが、従業員は以下のスケジュールを意識する必要があります：
10月〜11月：必要書類（扶養控除等申告書など）の提出期限。
12月末：年末調整の結果に基づいた調整額の支払い（給与や賞与と併せて支給または控除）。
注意点
必要書類を期限内に提出しないと、会社が年末調整を行えない場合があります。期限を守ることが重要です。
確定申告の時期はいつ？
確定申告の期間は毎年決まっており、翌年2月16日から3月15日までです。期限を過ぎると以下のペナルティが課される可能性があります：
無申告加算税：申告期限後に申請した場合、追加の税負担が発生する。
延滞税：納付すべき税金を期限までに支払わなかった場合に課される利息相当の税金。
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