個人事業主開業2年目だと消費税がインボイス制度で免除される？計算方法や節税ポイントを解説

2025年6月30日

2023年10月に始まったインボイス制度は、「請求書を発行するだけで消費税を納めなければならないのか」という不安をもたらしました。しかし開業2年目までの免税規定や基準期間1,000万円基準は引き続き有効です。登録する・しないによって実際に支払う消費税も変わるため、制度のしくみと自身の売上規模を踏まえて最適な選択を行いましょう。

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個人事業主は開業後2年間は消費税が免除される

新たに開業した年とその翌年は「特定期間」も「基準期間」も存在しないため、原則として消費税の納税義務はありません。請求書に消費税相当額を記載したとしても、消費税として国に納める必要はなく、その分が手元に残るイメージです。ただし取引先からインボイスを求められ、適格請求書発行事業者（以下、適格事業者）に登録すると、その日から課税事業者扱いとなり免税のメリットは失われます。

開業2年目以降で消費税が免除される条件とは？

基準期間の課税売上高が1,000万円以下の場合

3年目以降は、2年前（基準期間）の課税売上高が1,000万円以下なら引き続き免税事業者でいられます。たとえば2025年の納税義務は、2023年の売上が判定基準です。

適格請求書発行事業者への登録が完了していない

インボイスを発行するには適格事業者への登録が必須です。登録した時点で課税事業者となり、売上1,000万円以下でも消費税を納める義務が発生します。免税を維持したい場合は登録を見送るか、取引先と免税のままでも取引を継続できるかを事前に確認しましょう。

適格請求書発行事業者とは？

消費税の仕入税額控除を受けるための「インボイス」を発行できる事業者のことです。登録は任意ですが、登録しない事業者からの仕入れについて相手方は仕入税額控除が受けられないため、BtoB取引では登録を求められるケースが増えています。

個人事業主の消費税の計算方法とは？

本則課税

売上にかかる消費税から仕入や経費に含まれる消費税を差し引く「原則的な方法」。帳簿とインボイスを保存し、税額を精緻に算出できます。経費が多い業種や仕入比率が高い業種は本則課税が有利になりやすいです。

簡易課税

前々年の課税売上高が5,000万円以下なら選択可能。業種別の「みなし仕入率」を用いて、売上税額に一定割合を掛けて仕入税額控除分を計算するため、帳簿負担が軽くなります。経費が少ないサービス業などでは節税効果が見込めますが、原則課税より税額が増える場合もあるため試算が欠かせません。

2割特例

免税事業者が2023年10月から2026年9月までにインボイス登録した場合、登録した課税期間を含む３年間は、納付税額を「売上にかかる消費税×20％」に抑えられる経過措置です。帳簿・インボイス保存は必須ですが、仕入税額控除の計算は不要。将来的な取引機会を逃さないために登録しつつ納税負担を抑えたい方に向いています。

個人事業主が消費税の節税ポイントは？

まずは基準期間の売上高を把握し、免税・簡易課税・本則課税・2割特例を比較試算することが第一歩です。そのうえで高額設備投資が予定されている年は本則課税、粗利率が高い年は簡易課税、取引先の要望で登録せざるを得ない場合は2割特例、といった具合に制度を使い分けると効果的です。売上推移に応じて毎年の届出期限（原則課税→簡易課税への変更は前課税期間終了まで、など）を管理することも忘れないようにしましょう。

よくある間違いと注意点

売上が1,000万円以下でもインボイス登録の時点で課税事業者になる点を見落とすケースが目立ちます。また簡易課税は２年間継続適用が原則のため、翌年以降に不利になっても簡単に戻せません。届出書の提出期限を過ぎると制度選択ができなくなるため、年末時点で売上見込みと課税方式をセットで確認しておくと安心です。

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まとめ

開業から2年間は自動的に免税事業者ですが、インボイス登録をすると即課税事業者になる点に注意が必要です。3年目以降も売上1,000万円以下なら免税を続けられる一方、登録を選ぶなら2割特例や簡易課税を活用して負担を抑えましょう。課税方式の選択や届出管理はタックスナップの自動機能を使い、数字の不安なく本業に集中してください。

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